Sklep i biuro rachunkowe w KSeF: obieg faktur, JPK i archiwum
W skrócie: przy KSeF biuro rachunkowe nadal księguje faktury sklepu, ale bierze je z innego miejsca. Faktury sprzedażowe i zakupowe od polskich firm są w KSeF, więc biuro z nadanymi uprawnieniami pobiera je samo, bez maili i skanów. Poza KSeF zostają faktury od zagranicznych dostawców, faktury dla konsumentów wystawione poza systemem i dokumenty z kasy, i to o nie trzeba zadbać osobno.
KSeF, biuro rachunkowe i sklep: co się zmieniło w obiegu faktur
Przed KSeF typowy sklep co miesiąc wysyłał do biura paczkę PDF: faktury sprzedażowe z programu, zakupowe z maila i raporty z bramki płatniczej. Od 1 lutego 2026 r. każdy podatnik otrzymuje faktury od polskich firm przez KSeF, a od 1 kwietnia 2026 r. (największe firmy od 1 lutego) wystawia w nim faktury dla firm (FAQ MF, kategoria „Zasady obowiązywania KSeF i przepisy prawne”, pyt. 10). Małe firmy mogą do końca 2026 r. korzystać z limitu 10 000 zł miesięcznie, ale od 1 stycznia 2027 r. obowiązek dotyczy wszystkich.
Dla współpracy sklepu z biurem rachunkowym oznacza to trzy zmiany:
- Faktury w KSeF są jednym źródłem prawdy. Biuro widzi te same pliki XML co Ty.
- Dokumentów spoza KSeF nie zniknęło. Trzeba ustalić, kto i jak je przekazuje.
- Dostęp do KSeF daje się przez uprawnienia, a nie przez przekazanie hasła czy certyfikatu.
Kto wystawia, kto księguje: podział ról
| Zadanie | Sklep | Biuro rachunkowe | Uwagi |
|---|---|---|---|
| Faktury sprzedażowe dla firm | Wystawia (program, aplikacja sklepu) | Pobiera z KSeF | Biuro może też wystawiać za Ciebie, jeśli dostanie takie uprawnienie |
| Faktury dla konsumentów | Wystawia na żądanie, w KSeF albo poza nim | Dostaje od sklepu, jeśli są poza KSeF | Jedna numeracja dla obu rodzajów |
| Korekty po zwrotach | Wystawia | Pobiera z KSeF | |
| Faktury kosztowe od polskich firm | Nic, przychodzą do KSeF | Pobiera z KSeF | Sklep sprawdza, czy zakup był firmowy |
| Faktury od zagranicznych firm (Shopify, reklamy) | Pobiera z paneli dostawców | Dostaje od sklepu | Nie ma ich w KSeF |
| Raporty z kasy, paragony | Przekazuje | Księguje | Kasa nie łączy się z KSeF, patrz kasa fiskalna w sklepie internetowym |
| JPK_VAT z deklaracją | Akceptuje | Przygotowuje i wysyła | Nowe oznaczenia związane z KSeF |
Najważniejsza decyzja: kto wystawia faktury sprzedażowe. W sklepie internetowym zwykle robi to sklep, bo faktura ma powstać zaraz po zamówieniu. Biuro dostaje wtedy tylko uprawnienie do przeglądania faktur. Jeśli biuro ma wystawiać faktury za Ciebie, potrzebuje też uprawnienia do wystawiania.
Uprawnienia dla biura
Biuru nie przekazujesz swojego tokenu ani certyfikatu. Token może używać tylko osoba, która go wygenerowała (Podręcznik KSeF 2.0, cz. I, rozdz. 2.4.4), a certyfikat wydany na osobę fizyczną jest osobisty (FAQ MF, kategoria „Certyfikaty KSeF”, pyt. 8). Zamiast tego nadajesz uprawnienia w Aplikacji Podatnika KSeF.
Uprawnienie możesz nadać całemu biuru jako firmie i zaznaczyć, że biuro może przekazywać je swoim pracownikom. Wtedy to biuro wskazuje, kto obsługuje Twoje faktury, i nie musisz nic zmieniać przy rotacji w zespole (FAQ MF, kategoria „Uprawnienia i autoryzacja”, pyt. 10). Biuro loguje się własnymi środkami, bez zakładania konta (pyt. 8), i może wygenerować własny certyfikat KSeF, który zadziała dla wielu klientów (FAQ MF, kategoria „Certyfikaty KSeF”, pyt. 10).
| Model | Uprawnienia dla biura |
|---|---|
| Sklep wystawia, biuro księguje | Przeglądanie faktur |
| Biuro wystawia i księguje | Wystawianie faktur i przeglądanie faktur |
| Biuro pobiera też UPO | Dodatkowo przeglądanie historii sesji |
Instrukcję krok po kroku, z nazwami pól w Aplikacji Podatnika, znajdziesz w artykule uprawnienia KSeF dla księgowej.
Faktury kosztowe sklepu w KSeF
Sklep internetowy ma sporo powtarzalnych kosztów. Część z nich przychodzi przez KSeF, część nie.
| Koszt | Typowy wystawca | Czy faktura jest w KSeF |
|---|---|---|
| Kurierzy i paczkomaty | Polskie spółki | Tak |
| Marketplace (np. prowizje Allegro) | Polska spółka | Tak |
| Bramki płatności | Zwykle polskie spółki | Tak, jeśli wystawca jest polskim podatnikiem |
| Hurtownie i producenci z Polski | Polskie firmy | Tak |
| Abonament Shopify, aplikacje Shopify | Zwykle spółka spoza Polski | Nie |
| Reklamy Meta i Google | Zwykle spółki z innych krajów UE | Nie |
| Towar od dostawcy z Chin | Firma zagraniczna | Nie |
Sprawdzaj dane wystawcy na fakturze: o tym, czy faktura jest w KSeF, decyduje to, kto ją wystawia. MF pisze wprost, że KSeF nie służy do raportowania zakupów od zagranicznych dostawców (FAQ MF, kategoria „Zasady obowiązywania KSeF i przepisy prawne”, pyt. 11). Takie faktury biuro rozlicza jak dotąd, często jako import usług. Więcej w artykule o imporcie usług a KSeF.
Kilka zasad dla faktur zakupowych w KSeF:
- Data otrzymania to dzień nadania numeru KSeF (art. 106na ust. 3 ustawy o VAT). Według MF od tego dnia co do zasady można odliczyć VAT (FAQ MF, kategoria „KSeF w Jednostkach Samorządu Terytorialnego”, pyt. 26).
- KSeF nie wysyła powiadomień. Program biura albo Twój musi sam regularnie sprawdzać nowe faktury (FAQ MF, kategoria „Wystawianie i otrzymywanie faktur”, pyt. 38).
- Nie musisz akceptować faktury, żeby była ważna (pyt. 11 w tej samej kategorii).
- Kupując na firmę, podawaj NIP. Bez niego sprzedawca nie wystawi Ci faktury w KSeF na Twój NIP.
- Faktura „obca” w Twoim KSeF. Jeśli ktoś wystawi fakturę na Twój NIP przez pomyłkę, zobaczysz ją w KSeF. Sprzedawca naprawia to korektą do zera (pyt. 23). Biuro nie powinno jej księgować.
JPK_VAT i oznaczenia faktur z KSeF
Od rozliczenia za luty 2026 r. ewidencja w JPK_VAT z deklaracją ma nowe pola związane z KSeF. Wprowadziło je rozporządzenie MFiG z 12 grudnia 2025 r. (Dz.U. 2025 poz. 1800). W uproszczeniu:
| Sytuacja na dzień wysłania JPK | Co wpisuje biuro |
|---|---|
| Faktura ma numer KSeF | Numer KSeF |
| Faktura wystawiona poza KSeF (papier, PDF, np. w ramach limitu 10 000 zł) | Oznaczenie BFK |
| Faktura z trybu awaryjnego, która jeszcze nie ma numeru KSeF | Oznaczenie OFF |
| Dowód inny niż faktura | Oznaczenie DI |
Są też przypadki szczególne, opisane w broszurze MF o JPK_VAT: na przykład faktura z trybu offline24 albo z okresu niedostępności KSeF, która w dniu wysłania JPK nie ma jeszcze numeru KSeF, dostaje oznaczenie DI, a po nadaniu numeru biuro może musieć skorygować ewidencję. Wszystkie przypadki zebraliśmy w artykule oznaczenia BFK, DI i OFF w JPK. To dobry argument, żeby faktury offline wysyłać do KSeF od razu, a nie pod koniec miesiąca. Do końca 2026 r. obowiązują dodatkowo przejściowe zasady dla faktur z kas i paragonów z NIP.
Dwie rzeczy, które się nie zmieniają. Kary za błędy w JPK_VAT nie są automatyczne: urząd najpierw wzywa do korekty (FAQ MF, kategoria „Zasady obowiązywania KSeF i przepisy prawne”, pyt. 23). A JPK_FA nie dotyczy już faktur wystawionych w KSeF, ale urząd może go zażądać dla faktur wystawionych poza KSeF (pyt. 15).
Szczegółowe oznaczenia to zadanie biura. Twoje zadanie to dać biuru pełną listę faktur z numerami KSeF i osobno faktury wystawione poza systemem.
Eksport listy faktur, archiwum i przechowywanie
Ile KSeF przechowuje faktury
Faktury ustrukturyzowane i faktury z trybów offline wysłane do KSeF są przechowywane w systemie przez 10 lat, licząc od końca roku, w którym je wystawiono (art. 112aa ust. 1 ustawy o VAT). Dla tych faktur nie stosuje się ogólnych zasad przechowywania z art. 112a. Nie musisz ich drukować (FAQ MF, kategoria „KSeF w Jednostkach Samorządu Terytorialnego”, pyt. 75), a UPO nie musisz archiwizować (pyt. 81).
Wyjątek: jeśli zobowiązanie podatkowe przedawnia się później niż po 10 latach, przechowujesz fakturę poza KSeF do końca terminu przedawnienia (art. 112aa ust. 2). MF podaje przykład środków trwałych amortyzowanych dłużej niż 10 lat (pyt. 82).
Co przechowujesz sam
Faktury spoza KSeF przechowujesz jak dotąd, do upływu terminu przedawnienia, w podziale na okresy rozliczeniowe i tak, żeby łatwo je odszukać (art. 112a). Dotyczy to faktur od zagranicznych dostawców, faktur dla konsumentów wystawionych poza KSeF i faktur wystawionych w ramach limitu 10 000 zł.
Kopia na wszelki wypadek
KSeF jest archiwum, ale nie jest wygodnym narzędziem do pracy. Warto co miesiąc mieć u siebie listę faktur (numer, data, NIP nabywcy, kwoty, numer KSeF) i paczkę plików XML i PDF. Aplikacja Podatnika pozwala wyszukiwać i pobierać wystawione dokumenty w formacie XML lub PDF, a program biura pobiera je przez API (masowo tylko jako XML; FAQ MF, kategoria „Zagadnienia techniczne”, pyt. 1). Jak to zautomatyzować, opisujemy w artykule o pobieraniu faktur z KSeF.
W aplikacji KSeF Faktury dla Shopify robi się to jednym kliknięciem: co miesiąc pobierasz CSV z kwotami netto, VAT i brutto albo ZIP z plikami XML i PDF wszystkich faktur i przekazujesz go biuru.
Numeracja: jedna dla KSeF i spoza KSeF
Numer KSeF nie zastępuje Twojego numeru faktury. MF zaleca jednolitą numerację faktur dla firm (w KSeF) i dla konsumentów (poza KSeF), żeby zachować ciągłość i chronologię (FAQ MF, kategoria „KSeF w Jednostkach Samorządu Terytorialnego”, pyt. 65). Jeśli faktury wystawia kilka narzędzi, na przykład aplikacja sklepu i program biura, ustalcie osobne serie, bo KSeF odrzuci duplikat numeru u tego samego sprzedawcy.
Wybór programu i integracji: pytania do biura
Zanim wybierzesz program, zadaj biuru pięć pytań:
- W jakim programie księgujecie i czy pobiera on faktury z KSeF automatycznie? Jeśli tak, wystarczy uprawnienie do przeglądania faktur.
- Czy chcecie dostawać faktury sprzedażowe z KSeF, czy z eksportu sklepu? Najlepiej z KSeF, a eksport traktować jako kontrolę.
- Jak przekazujemy dokumenty spoza KSeF? Ustalcie jeden folder albo skrzynkę na faktury zagraniczne i dokumenty z kasy.
- Kto pilnuje terminów? Faktura online musi trafić do KSeF w dniu wystawienia, a korekty po zwrotach też idą do KSeF.
- Jak rozliczamy waluty? Kurs NBP, data i numer tabeli powinny być na fakturze, żeby biuro nie liczyło ich drugi raz.
Porównanie programów i aplikacji do faktur dla sklepów jest w artykule program do faktur KSeF dla sklepu.
Pytania i odpowiedzi
Czy biuro rachunkowe może zobaczyć moje faktury zakupowe w KSeF?
Tak, jeśli nadasz mu uprawnienie do przeglądania faktur. Obejmuje ono faktury wystawione przez Ciebie i dla Ciebie.
Czy muszę dalej wysyłać biuru faktury mailem?
Faktur z KSeF nie, biuro pobierze je samo. Dokumenty spoza KSeF, takie jak faktury od Shopify czy Google, nadal przekazujesz jak dotąd.
Czy biuro może używać mojego certyfikatu KSeF?
Nie, jeśli certyfikat jest wydany na Ciebie jako osobę. Taki certyfikat jest osobisty (FAQ MF, kategoria „Certyfikaty KSeF”, pyt. 8). Biuro używa własnego, w ramach nadanych mu uprawnień.
Czy po 10 latach faktury znikną z KSeF?
KSeF przechowuje je 10 lat od końca roku wystawienia. Jeśli potrzebujesz ich dłużej, na przykład dla środków trwałych, zapisz je u siebie (art. 112aa ust. 2).
Kto odpowiada za błąd w fakturze, jeśli wystawiło ją biuro?
Fakturę wystawia biuro w Twoim imieniu, ale odpowiedzialność podatkowa jest po Twojej stronie. Zakres odpowiedzialności biura określa umowa z biurem.
Źródła
- Ustawa o podatku od towarów i usług, tekst jednolity Dz.U. 2026 poz. 1263: art. 106na ust. 3, 112a, 112aa, 145m
- Rozporządzenie MFiG z 12 grudnia 2025 r. zmieniające przepisy o zakresie danych w deklaracjach i ewidencji VAT (JPK_VAT), Dz.U. 2025 poz. 1800
- Pytania i odpowiedzi KSeF 2.0: kategoria „Zasady obowiązywania KSeF i przepisy prawne”, pyt. 10, 11, 15, 23; kategoria „Wystawianie i otrzymywanie faktur”, pyt. 11, 23, 38; kategoria „Uprawnienia i autoryzacja”, pyt. 8, 10; kategoria „Certyfikaty KSeF”, pyt. 8, 10; kategoria „Zagadnienia techniczne”, pyt. 1; kategoria „KSeF w Jednostkach Samorządu Terytorialnego”, pyt. 26, 65, 75, 81, 82
- Podręcznik KSeF 2.0, cz. I (06.08.2026), rozdz. 2.4.4
- Rozporządzenie w sprawie korzystania z KSeF, Dz.U. 2025 poz. 1815, zmienione Dz.U. 2026 poz. 169
- Aplikacja Podatnika KSeF 2.0, MF
Stan prawny na 19 października 2026 r.
Artykuł ma charakter ogólnej informacji i nie jest poradą podatkową.